Հովհաննես Հովհաննիսյանին ռեկտորի պաշտոնակատար նշանակելը ԵՊՀ-ում նոր հարցեր է առաջացրել: Կարծիքներ կան, որ իշխող ուժը ևս մեկ քայլ է անում համալսարանը քաղաքականացնելու ուղղությամբ: ԿԳՄՍ նախարար Վահրամ Դումանյանն, ընդհակառակը՝ պնդում է, որ Հովհաննիսյանը ապաքաղաքական պաշտոնյա է: